El Programa de Doctorat de Química Orgànica està sotmès als procediments de garantia interna de la qualitat de la Universitat de Barcelona que s'expliquen a continuació (vegeu Sistema de Garantia i Qualitat). A més, la qualitat del Programa de Doctorat de Química Orgànica ha quedat palesa per l’obtenció de la Menció de Qualitat atorgada pel Ministerio de Educación y Ciencia d’ençà la seva creació. A més, a l'octubre de 2011 el Programa ha estat guardonat amb la Menció cap a l'Excel.lència atorgada pel Ministerio de Educación y Ciencia (BOE 20 Octubre 2011).