La calidad del Programa de Doctorado de Química Orgánica está avalada por los procedimentos de garantía interna de la Universitat de Barcelona que se explicitan a continuación (ver Sistema de Garantía y Calidad). Además, estos elevados niveles de calidad han sido refrendados por la obtención de la Mención de Calidad otorgada por el Ministerio de Educación y Ciencia desde la impartición de este galardón. Además, en octubre de 2011 el Programa ha sido distinguido con la Mención hacia la Excelencia que otorga el Ministerio de Educacíón y Ciencia (BOE 20 Octubre 2011).